O CT-e Substituto pode ser emitido para alterar os valores relativos a prestação do serviço de transportes de cargas ou alterar o tomador do serviço.
Situações em que a substituição pode ser realizada
Alteração de valor (necessidade de cobrar um valor menor do que o valor informado no CT-e original)
A alteração de valor é realizada com um CT-e de substituição apenas se o valor cobrado no CT-e incorreto for maior do que o esperado, pois, no caso de ser menor, a forma de correção é através de um CT-e de Complemento de Valores.
Alteração do tomador do serviço
Quando a necessidade é a alteração do tomador é preciso que o novo tomador esteja relacionado como um dos atores (tomador, remetente, destinatário, expedidor ou recebedor) no CT-e a ser substituído. Também é necessário que o novo tomador esteja localizado na mesma UF do tomador original.
O que é necessário observar para poder emitir o CT-e substituto?
A substituição do Conhecimento poderá ser emitida desde que a anulação do CT-e já tenha sido realizada através de um documento fiscal (NF-e ou CT-e) emitido pelo tomador incorreto.
Caso o intuito do CT-e de substituição seja a alteração do tomador, é obrigatório o registro do evento “Prestação do Serviço em Desacordo” por parte do tomador incorreto. Após o registro do evento a própria transportadora emissora do CT-e incorreto poderá emitir o CT-e de anulação e posteriormente o de substituição.
Evento “Prestação de Serviço em Desacordo”
Evento que pode ser registrado em um CT-e pelo tomador incorreto do serviço.
O tomador do serviço manifesta-se contrário quanto a prestação de serviço que está descrito no CT-e emitido pela transportadora.
De acordo com o Ajuste SINIEF 08/17, o registro desse evento é obrigatório quando se tratar de alteração de tomador do serviço.
CT-e de Anulação
Podemos classificá-la como o documento fiscal que invalida um Conhecimento de Transporte emitido com erro.
Esse CT-e deve ser emitido utilizando a natureza de operação “Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte”.
Como emitir o CT-e de substituição através do Datamex
Na ferramenta de emissão de Conhecimentos precisamos indicar que o Tipo de CT-e é de “Substituição”.
Em seguida, é obrigatório informar qual o CT-e está sendo substituído, ou seja, qual o CT-e que contém erro.
Logo abaixo, na opção Tipo de Anulação é necessário indicar a forma de anulação de valores que foi ou será utilizada.
Aqui, vale destacar que o sistema identifica automaticamente se o tomador do CT-e que será substituído é ou não contribuinte do ICMS e então oferece apenas as opções corretas de tipo de anulação (veremos as opções para tomador contribuinte do ICMS).
Quando marcamos Tipo de anulação = “NFe” significa que possuímos uma nota fiscal de anulação de valores emitida por um tomador de serviço que é contribuinte do ICMS. No campo seguinte precisamos indicar a chave dessa nota fiscal.

Se for marcado “CTe”, isso quer dizer que possuímos um Conhecimento de Transporte Eletrônico de anulação de valores emitido por um outro transportador, que, nesse caso, era o tomador de serviço. No campo seguinte precisamos indicar a chave desse CTe.

A opção “Outro” permite ao usuário indicar qual outro documento fiscal de anulação foi fornecido para a transportadora para que a partir dele ela possa gerar o CT-e de substituição.
É preciso preencher pelo menos os itens obrigatórios que estão sublinhados.

Os modelos de documentos disponíveis para indicação estão listados abaixo.

Já a última oção do tipo de anulação é o evento de “Prestação de Serviço em Desacordo”.
Quando essa é a opção escolhida, é necessário verificar se junto ao fisco existe o registro do evento. Para isso, basta clicar no botão “Verificar se existe evento de prestação de serviço em desacordo”.
Caso realmente haja o registro do evento, o usuário avançará para a emissão do CT-e de substituição.

Quando o CT-e é de “Substituição” e a ocasião exige que seja a própria transportadora a emissora do CT-e de “Anulação”, o próprio sistema cria automaticamente os dois documentos.
O usuário não faz o processo de criação separadamente. Por padrão, o sistema não permite uma geração avulsa de CT-e de anulação para que você não corra o risco de esquecer de criar o CT-e substituto, evitando assim qualquer tipo de transtorno com o fisco.
Exemplo do que você verá na tela de Conhecimentos após a criação dos documentos



Considerações finais
Para cada CT-e emitido com erro somente é possível a emissão de um CT-e de anulação e um substituto, que não poderão ser cancelados.
O prazo para emissão do documento de anulação de valores ou do registro do evento “Prestação do serviço em desacordo” será de 45 dias contados da data da autorização de uso do CT-e a ser corrigido.
O prazo para autorização do CT-e de anulação assim como o respectivo CT-e de Substituição será de 60 dias contados da data da autorização de uso do CT-e a ser corrigido.
Legislação específica sobre o assunto
Ajuste SINIEF 09/07
Ajuste SINIEF 04/09
Ajuste SINIEF 10/16
Ajuste SINIEF 08/17